两江是清代唯一一个辖三省的行政区，其财赋收入占全国的三分之一，故两江总督在所有疆臣中占有举足轻重的地位，特殊时期甚至超过直隶总督。
与其他省区不同，两江之地的行政体系也是最复杂的，涵盖的事务众多，非总督一人所能囊括。朝廷在两江设立了三总督、三巡抚以及八旗驻防将军，共同治理两江三省。所以从权力方面而言，两江总督又受到诸多的限制，至少在辖区之内有以下几个方面没有话语权和决策权。
一是不得干涉漕运事务
两江总督的全衔为：“总督两江等次地方，提督军务、粮饷，操江，统辖南河事务”，从官职全衔就能看出，江督并没有被授予漕运方面的权力。
漕运即水运，自明代开会通河始罢海运、陆运而为河运，将沿江沿海之山东、河南、江苏、安徽、浙江、湖北、湖南八省征收之米石，由水路运往京师，其粮称为“漕粮”，以供应京师权贵与八旗兵丁。
漕运总督是一个单独的行政系统，设漕运总督专管漕粮事务，其驻地在江苏淮安府。严格地说，漕运与地方行政是分不开的，征收、运输方面等需要地方官加以配合，但所设之督粮道和运粮官直属漕运总督管辖，不受两江总督和各省巡抚节制。
清初时期，漕运总督例兼兵部尚书衔，与江督平起平坐。乾隆时期改为兼兵部侍郎衔，低江督一级。
二是不能染指河道
与漕运一样，河道也是一个单独的行政体系，直接受皇帝领导，入关之初的顺治元年便设河道总督一人，驻清江浦（初驻山东济宁）综理黄河、运河之一切事务。雍正时期河道系统不断扩充，分为北河、东河、南河三总督。
河道官是全国职务体系中最专业的，官员任免的资格主要取决于治河能力，对于出身的考核并不严。各省河道官员的编制隶属河道总督衙门，江督以及江苏巡抚没有考核权，也不能干预河道事务。
不过相比于漕运，江督多少也有协助河道总督办理事务的性质，所以全衔上有“统辖南河事务”的字样，至咸丰八年以后，南河河道总督裁撤，由漕运总督兼领。
三是无法节制教育系统
清代的地方行政中，教育和民政是区别开来的，这一点与明代有很大的不同。负责一省教育、科举、学校的长官为“提督学政”，其学政人选例由皇帝钦点，属于朝廷委派的钦差大臣。
学政一般是进士出身学官，级别普遍不高，但是在地方大员的排序上仅次于巡抚，位列二司之上。如遇地方重大事务江督需会同巡抚、学政共同商议，而且自嘉庆以后，各省学政还肩负有密查地方大员的职能。
四是不能插手盐政事务
盐课是清代国家财赋重要的组成部分，清初沿袭明制在产盐区设立单独的行政机构加以管理。主要的产盐区为两淮、两浙、长芦、河东四个大区。其中又以两淮盐务为最重。
盐政系统的最高长官为盐运使，其衙门称为“都转盐运使司”，盐运使例由皇帝钦点，且大多数时候以内务府官员充任，其盐官不受地方官的节制，故江督无节制监察之权。
道光时期盐务败坏，朝廷有心加以整治，从道光十一年开始，以两江总督兼理两淮盐政，此后江督才有了管理盐政之责。
五是无权过问八旗驻军
八旗驻防始于顺治朝，成制于三藩之乱后。全国重要省份一般都由八旗驻防军，或以将军、都统领之，或以副都统领之。
两江是经济、文化最发达的地区，八旗驻防军级别高、数量多，以江宁将军坐镇统筹。派遣八旗分驻地方，其主要目的就是为了监视汉人以维护清王朝的统治，这就注定作为地方最高军政长官的江督无法过问驻军事务。
从清初至咸丰以前，江宁将军的地位都略高于江督，但是到了太平天国运动之后，因八旗的衰弱，已经无法起到监督以曾国藩为首的湘军集团。所以从同治年间开始，江宁八旗驻军几同虚设。
六是不能干涉织造事务
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江南三织造是宫廷派出的采办机构，具有钦差性质，故有“织造部堂”之称。清初尤其是康熙年间，江宁织造的权力远大过江督，世袭织造的曹家被康熙帝赋予密折上奏权，可以绕过内阁、通政司向皇帝直接汇报。
江宁织造的本职工作是负责宫廷采办，但因康熙帝的宠信，同时也被赋予了监视江南官员、士绅的重任。当时江督遇到重要且不便公开上疏的政务，还得请曹家帮忙上奏折。
乾隆以后，三处织造搜集地方情况，监视官场活动，密报地方民情的特殊作用才被取缔。但是其采办功能仍是独立运作的，不受江督和地方官的节制监督。
两江总督位高权重不假，可实际上也是全国最难当的总督，乾隆朝曾任江督的李世杰对此就深有感触：
“两江地大事剧，主持者非一人，三巡抚，一漕督，一河督，两织造，一关使，巡漕、榷关复在外，动皆可具折上奏”。若按李世杰之言股票融资概念，恐怕江督的处境比御史想象中的还要难。